Die Ursache äußerlich auftretenden Warzen ist hauptsächlich eine Ansteckung mit Viren des Typs HPV in Form von Schmierinfektionen. Dabei können kleine Wundstellen, auch an den Schleimhäuten und Hautverletzungen als Eingang für ebendiese dienen. Im weiteren Verlauf werden dann Zellen in der Oberhaut befallen, wo sich die Viren dann gut in den Kernen der Zellen vermehren können. Dann beginnt das ungewünschte Wachstum der infizierten Zellen zu einer Warzen.
Jedoch kommt es nicht immer zwangsläufig nach der Infektion zur Bildung einer Warze. Dabei ausschlaggebend sind vor allem begünstigende Faktoren: Auf der einen Seite müssen sich sehr viele virale Erreger bestimmter Art ansammeln, auf der anderen fördert starkes Schwitzen und Tragen von luftundurchlässiger Kleidung und Schuhen mögliche Warzenausbrüche. Darüber hinaus kann es erst durch Immunschwäche des Betroffenen zu einem sichtbaren Ausbruch auf der Hautoberfläche kommen. Wegen letzterem Punkt sind sehr häufig Kinder befallen. Ihr Immunsystem ist noch nicht so gut entwickelt, leichter sind sie daher für Infektionen mit Human-Pappilom-Viren empfindlich. Auch chronisch kranke (beispielsweise an Neurodermitis erkrankt) oder alte Menschen sind wegen ihrer schwächeren Immunabwehr deutlich gefährdeter. Hinzu kommen auch Diabetiker, Raucher, aber auch Alkoholiker.
Jedoch können Warzen fast jeden treffen, wenn an öffentlichen Orten wie Saunen oder Schwimmbädern mit nackten Füßen herumgelaufen wird. Dies ist eine gängige Form der Infektion, vor allem von Warzen bei Kindern.
Neben der Schmierinfektion ist eine Ansteckung durch nicht geschützten Geschlechtsverkehr möglich, wodurch es dann zu Genitalwarzen kommen kann. Vor allem bei Frauen können Feigwarzen, also Warzen im Genitalbereich, eine schlimme Nebenwirkung erzielen: Die HP-Viren, die für das Entstehen von Warzen verantwortlich sind, bedingen auch hauptsächlich Gebärmutterhalskrebs. Manchmal können selbst Kondome keinen ausreichenden Schutz bieten.
Alterswarzen sind allgemein ungefährlich, die Immunschwäche älterer Menschen ist hier oft die Hauptursache für ihr erscheinen. Darüber hinaus hat sich ergeben, dass erhöhte Sonnenlichtbestrahlung, also ultraviolettes Licht, das Wachstum von Alterswarzen fördern kann.
Immer sollte aber bei ernsthaft erscheinenden Hautkrankheiten im Zusammenhang mit Warzen der Typ der Human-Pappilom-Virus ermittelt werden. Von den beinahe einhundert Typen sind es nur zwei, die zu bösartigen Auswüchsen führen können. Konkret sind dies die HP-Viren 16 oder 18. Ihr auftreten ist immerhin äußerst selten. Wenn sie jedoch auftreten, dann fast ausschließlich als Ursache von Feigwarzen.