Abszesse können durch ein geschwächtes Immunsystem entstehen. Dabei können sich bakterielle Infekte einfacher und schneller ausbreiten. Auch offene und schlecht gereinigte Wunden und Verletzungen der Haut nach Operationen oder Unfällen können bei Unachtsamkeit eine Ursache für eine tiefsitzende Eiteransammlung sein. Dabei können Bakterien, meistens des Typen Staphylococcus aureus, in die Haut eindringen. Körpereigene Abwehrzellen reagieren auf die entzündeten Stellen und beseitigen die bakteriellen Fremdkörper. Dabei entsteht als Endprodukt Eiter, der vom umliegenden, gesunden Gewebe abgekapselt wird. Diese Eiterbeule ist ein Abszess.
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Vor allem Patienten mit starker Akne können im Zusammenspiel mit einem schwachen Immunsystem chronisch unter Abszessen leiden. In der Fachmedizin heißt dieses Krankheitsbild akne inversa. Immer wieder entsteht hierbei beispielsweise der Abszess in der Achselhöhle.
Auch möglich sind Genitalabszesse im Bereich der Leisten. Ein Beispiel ist die Geschlechtskrankheit Ulcus molle, hervorgerufen durch eine Infektion mit dem Haemophilius-ducreyi-Bakterium.
Zuckerkranke (Diabetis millitus), aber auch Patienten mit Hautverletzungen wie Schuppenflechte oder Neurodermitis sind besonders gefährdet. Die Immunschwäche Krebskranker oder von AIDS-Patienten kann als Ursache für einen Abszess gesehen werden, ebenso starker Alkoholismus.
Punktuelle kleine Wunden, die durch das Rasieren des Achsel- oder Intimbereichs entstehen können und verunreinigt wurden, entwickeln genauso wie Scheuerwunden, die durch enge Kleidung entstanden sein können, erhöhtes Infektionspotential.
Die hauptsächliche Ursache für innere Abszesse sind ebenfalls durch Bakterien verursacht und durch eine Immunschwäche begünstigt. So kann die Infektion einer Nierenbeckenentzündung über das Blut zu den Nieren gelangen und dort zu einem Abszess führen.
Neben dem Nierenabszess ist ein innerer Abszess auch in Form eines Lungenabszesses möglich. Hervorgerufen wird dieser durch eine Lungenentzündung oder bakterielle Blutvergiftung.
Eine besonders schwere Form des inneren Abszesses tritt beim sogenannten Hyper-IgE-Syndrom auf, wobei durch einen Defekt im Immunsystem ein körpereigener Antikörper hergestellt wird, wodurch auf der Hautoberfläche und im oberen Bereich der Atemwege chronisch Abszesse auftreten. Dadurch kann es zu einschneidenden Folgen für die Gesundheit des Patienten kommen.