Die Ursachen der Mycosis fungoides sind noch nicht vollständig wissenschaftlich geklärt. Sicherlich spielen erbliche Bedingungen mit in die Entwicklung der Hautkrankheit mit ein. Die Entstehung des Tumors könnte auch im Zusammenspiel mit viralen Erkrankungen oder Immunstörungen zusammenhängen. Auch Ionenstrahlung oder spezielle Medikamente können im Einzelfall nicht ausgeschlossen werden. Chemische Mittel, die in der Metall- oder Landwirtschaftsindustrie zum Einsatz kommen, könnten ebenfalls die Ausbildung der Mycosis fungoides begünstigen. Dennoch sind diese Hypothesen bisher nicht bestätigt.
Die Hautkrankheit selbst wird durch die sogenannten T-Helfer-Zellen in den Lymphbahnen hervorgerufen. Normalerweise sammeln sich ebendiese an Hautstellen im Falle von Entzündungen an und sterben dann ab. In Falle einer Mycosis fungoides bleiben diese jedoch an punktuellen Stellen in großer Anzahl vorhanden. Dann trifft der programmierte Zelltod nicht ein und es kommt zu Tumorbildung. Immer wieder Teilen sich dann die Zellen der Lymphozoten und an an der Oberfläche bilden sich die sichtbaren Hautveränderungen.