Es kann mehrere Gründe für die Entstehung von Windeldermatitis geben. Hauptsächlich ist der luftdichte Abschluss der Schrittregion durch die Windel der Auslöser der Hautkrankheit. So kann keine natürliche Luft mehr an diesen Ort gelangen, es bildet sich ein feucht-warmes Klima, dass die Entstehung von weiteren Hautproblemen begünstigt. Daher sind nicht häufig oft gewechselte Windeln der Auslöser und die häufigste Ursache der Hautkrankheit. Die richtige Hygiene ist also entscheidend.
In der Windeln sammeln sich nicht selten bei Säuglingen Kot und Urin, die schädlich auf die Hautoberfläche des Kindes einwirken. Durch den enthaltenen Ammoniak im Urin wird die Haut angegriffen und aufgeweicht. Auch die Enzyme, die beim Durchfall mit ausgeschieden werden, können den natürlichen Säureschutzmantel der Haut nachhaltig angreifen. So können bei zusätzlicher Reibung leichter Wunde stellen entstehen, die sich dann entzünden. Es entsteht ein Kreislauf wiederkehrender wunder oder entzündeter Stellen , die Windeldermatitis beim Kleinkind. An diesen Hautentzündungen können bei weiterer Unachtsamkeit durch bakterielle Erreger, Viren oder Pilze befallen werden und somit zu schwerwiegenden Hautkrankheiten heranreifen. Auch chronische Hautkrankheiten wie Schuppenflechte oder Ekzeme atopischer Art können sich dann entwickeln.
Krankheiten des Kindes wie Durchfall oder die falsche Ernährung, können die Entstehung von Windeldermatitis begünstigen oder beschleunigen. Auch allergische Reaktionen der Haut des Kindes auf die Oberfläche der Windel können zu Hautreizungen, und schließlich zu Windeldermatitis führen. Daher sollte auch auf chemische Zusätze in der Windel oder bei der Reinigung von Stoffwindeln geachtet werden.